Как водится, после обновления PDT до версии 2.1 заметили отсутствия Ant в сборке. Работающие с Flex Builder наверное помнят, что вопрос решается довольно просто, для остальных напоминаю:
Help -> Install New Software -> Galileo – http://download.eclipse.org/releases/staging -> Programming Languages -> Eclipse Java Development Tools -> Счастье